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Fine-tuning of a COI PCR-RFLP assay for fast genetic characterization of Spanish white-clawed crayfish

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Matallanas Peñas, Beatriz and Ochando González, María Dolores and Callejas Hervás, Carmen (2016) Fine-tuning of a COI PCR-RFLP assay for fast genetic characterization of Spanish white-clawed crayfish. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 417 . pp. 1-5. ISSN 1961-9502, ESSN: 1961-9502

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Official URL: https://www.kmae-journal.org/articles/kmae/full_html/2016/01/kmae160059/kmae160059.html



Abstract

The white-clawed crayfish is endemic to western and southern Europe and its population has dramatically decreased in the last few decades. The latest reports on this species have shown that the genetic variability of Spanish populations displays a clear geographic pattern, with two main genetic groups across its range of distribution. To ensure the preservation of this endangered species, specimens for restocking purposes should be chosen, ideally, accordingly to their genetic characteristics. Here, we propose a PCR-RFLP assay developed for this purpose. Digestion of a fragment of the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I gene – with two restriction enzymes, HpaI and CviAII - differentiates the most common haplotypes identified in Spain. This technique is a useful, low-cost and rapid method to facilitate the genetic characterization of Spanish white-clawed crayfish and, in doing so, to incorporate genetic information into conservation plans for this species.

Resumen (otros idiomas)

Mise au point d’un essai COI PCR-RFLP pour une caractérisation génétique rapide de l’écrevisse à pattes blanches espagnole. L’écrevisse à pattes blanches est endémique de l’Europe occidentale et méridionale et ses populations ont considérablement diminué au cours des dernières décennies. Les derniers rapports sur cette espèce ont montré que la variabilité génétique des populations espagnoles affiche une répartition géographique claire avec deux principaux groupes génétiques dans son aire de distribution. Pour assurer la conservation de cette espèce en voie de disparition, les échantillons à des fins de repeuplement doivent être choisis, idéalement, en fonction de leurs caractéristiques génétiques. Nous proposons ici une analyse PCR-RFLP développée à cet effet. La digestion d’un fragment du gène de la sous-unité I de cytochrome oxydase mitochondriale - avec deux enzymes de restriction HpaI et CviAII - différencie les haplotypes les plus communs identifiés en Espagne. Cette technique est une méthode, à faible coût, utile et rapide pour faciliter la caractérisation génétique de l’écrevisse à pattes blanches espagnole et, ce faisant, pour incorporer l’information génétique dans les plans de conservation pour cette espèce.

Item Type:Article
Uncontrolled Keywords:Spanish white-clawed crayfish; Cytochrome oxidase subunit I (COI); PCR–RFLP; Restriction; Enzymes; Genetic groups
Subjects:Medical sciences > Biology > Genetics
ID Code:43044
Deposited On:31 May 2017 11:14
Last Modified:10 Dec 2018 15:30

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